Savakka

Я думаю, Лили и не могла знать наверняка, что друзья Снейпа — юные пожиратели смерти, вряд ли они принадлежностью к незаконной террористической организации хвастались на всех углах. Она подозревала их, и едва ли ей легко давались эти подозрения и разговоры со Снейпом, отсюда и намёки. Если она его со всеми закидонами так долго терпела — значит, была сильно привязана.

Savakka

Вообще-то про чистоплотность — это была такая шутка, чёрный юмор)
Ну, обычно у всяких могущественных злодеев, в ряды коих метит Петунья, есть подручные-палачи, которые и выполняют за них "грязную работу": пытают, допрашивают, убивают. Это же действительно очень грязно и противно, и люди, у которых не дрогнет рука отправить кого-то на пытку или казнь, далеко не всегда хотят делать это сами. В ГП-фандоме эта тема вроде как неплохо раскрыта...

Про дом не поняла. Причём тут это вообще?

Петунья (канонная тоже) аккуратная и чистоплотная только "внешне": у неё дома и в саду всё вылизано-вычищено, и сама она всегда с чистыми ногтями и т.д.
А вот если говорить про чистоплотность в морально-этическом плане, то тут у Петуньи большие проблемы.
Она не только держала племянника в чёрном теле, она ещё и бессовестно лгала ему о его родителях, говорила, что они были нищие, безработные и погибли, разбившись на машине (в пьяном виде, если мне не изменяет память).
Так что ваш пример не очень-то подходит, Петунья как раз выходит... нечистоплотной.

А в фанфике Петунья желает завладеть телом, именем и всеми преимуществами Лили. Она смотрит, как её убивают, и ничего не предпринимает - бездействие, которое не менее преступно, чем действие. Если бы Лили увидела во сне, как Петунью убивают или как она тонет в реке - Лили побежала бы её спасать...