Да, тяжело будет Северусу. Хотя не тяжелее, чем если бы он вернулся во времена обучения Гарри, когда мальчик уже знал его, как Ужас Подземелий.
Сейчас же у Снейпа есть довольно много вариантов действий. Хотя он, наверно, решит втихаря помогать Гарри во всем и стараться быть не таким сволочем.