"Почему ни разу, ни в одни летние каникулы она не предложила другу погостить у неё, зная, что родственники к нему по-свински относятся?"
Во-первых она могла написать домой и спросить у родителей, но они отказали, т.к. для них Гарри Поттер это никто и звать его никак, это в маг. мире он мальчик-который выжил. Во-вторых учитывая её характер и слепую веру во взрослых в первых книгах, она могла пойти с этим вопросом к МакГонагол, а та отвела её к Дамблдору который сказал что это никак нельзя. Причины отказа Дамблдора банальны, ему нужно оружие не связанное с миром магглов(это выходит из "воспитания" у Дурслей) и максимально связанное с маг. миром(это выводится из сцены на вокзале, ака знакомство с Уизли(людьми Дамблдора от и до) и последующими каникулами).


"Рон, со всей своей огромной семьёй, ютящейся в маленьком доме, не раз приглашал Поттера"
Только после "похищения" перед вторым курсом и наверняка с подачи Молли, которая... та-дам - целиком и полностью человек Дамблдора.

"А позвать с собой друга, который вполне может сам себе оплатить эту поездку и которому всего-то нужны в сопровождение взрослые, ей и в голову не пришло. "
Покажите место где написано что не пришло.

"Что, трудно было сказать о подозрениях до похода в библиотеку?"
О каких подозрениях? Искала информацию о магических животных, в один из дней нашла василиска и сразу сложилась картинка в голове, о том что она спешила рассказать, говорит хотя бы вырванная страница, при том что Гермиона всегда бережно относилась с книгам.

"«Кажется, я знаю, кто убийца. Пойду-ка, прогуляюсь по мокрому утёсу в скользких ботинках»."
Где написано что она знала? Искала информацию - да, когда нашла побежала делиться своими выводами предупредив по дороге старосту. Не успела.

"Или Гермиона всё же завидовала славе Гарри и хотела урвать кусочек известности для себя, самостоятельно раскрутив дело с Тайной Комнатой? "
Высосано из пустого места.

"Почему Грейнджер не сказала друзьям про маховик времени на третьем курсе?"
А почему она должна была? Маховик дали ей, друзей это не касается, когда появилась необходимость использования маховика для помощи Гаррии - расказала.

"Рон спрашивал подругу про это, но её ответ звучал как вежливая форма слов «не твоё дело». "
А это действительно не его дело, у каждого человека есть личные тайны которые другим(даже самым близким людям) знать не положено.

"Вот Гарри нашёл возможность поделиться с друзьями тайнами про Пророчество и хоркруксы,"
После того как это разрешил Дамблдор. Пока Дамблдор перед шестым курсом не разрешил рассказать про пророчество Поттер молчал как партизан.