А я не удивлюсь, если во всем замешан комендант или кто-то из его рьяных помощников. На эту мысль меня натолкнул эпизод встречи Гермионы с комендантом. Обстановка тягостная, в его коммуне такие дела творятся, но "Он был доволен". И еще мысли Гермионы: "Он, кажется, тоже чувствовал — коммуна начала смотреть в одну сторону". Страх объединяет людей, ими легче управлять. Это могло быть целью. Но это только мои домыслы, на самом деле вариантов может быть много.
И есть пара моментов, которые хочется уточнить у автора.
Первое вот это: "А она так и осталась на дороге. Понимая: это уже не домыслы, не ощущения, не слухи. Это было послание. И они оба его получили".
Оба? Цветы же получил только один. Или имеется в виду, что Малфой получил предупреждение, а Гермиона в этом считала послание и для себя?
И второе. О ком говорится в самом конце главы? Кого увидела Гермиона в окно? Я сначала подумала, что это был Драко, а потом засомневалась. Вдруг она опять заметила кого-то, кто хотел остаться незамеченным. Но описание не совпадает с тем, кто подбросил на порог цветы.

И спасибо за отличную работу. Захватывающе.