Я думаю, что романтические, а тем более интимные, отношения между сотрудниками - а Сабе сотрудница - в набуанской гвардии были под запретом. Там, конечно, не было философии, подобно джедайской, это были скорее нормы профессиональной этики. Но человек такое существо, что где-то да даст слабину, если появятся подходящие условия. В данном фанфике Сабе и Энакин чаще взаимодействовали друг с другом, нежели они оба с Падме. У них обоих подчинённое положение, что сближает их - в настоящий момент Сабе служит Падме как служанка и телохранительница, а у Энакин обязанности рыцаря-джедая. Т.е. их связь может быть неосознанным протестом против сложившейся системы. К тому же Сабе практически полный двойник жены Энакина, вплоть до того, что она могла успешно подражать характеру Падме, что и сыграло решающую роль для их отношений.
Возможно ещё что Энакин тяготится тем обстоятельством, что его брак с Падме нелегален в глазах общества, а свадьба на Набу скорее дань традиции, чем что-то институциональное.