Люблю фанфики по ГП
Я, признаться честно, не задумывалась над этим микро-моментом. Тут может быть два варианта:
1. Если ситуация аналогична Годриковой впадине, то священник прекрасно знает, что это волшебники и возможно сам является таковым (или сквибом);
2. Да, после всего мероприятия ему могут просто очистить память.

Хоть изначально волшебники не верят в религию как таковую (при этом соблюдают Рождество, Пасху и таинство крещения), многие из них могли изменить свое мнение в отношении религии из-за личных взглядом или при общении с полукровными или магглорожденными волшебниками.