Интересные гипотезы. На таком глубоком уровне действие вируса я еще не продумывала, но вот версия с ядром мне понравилась. Получается, что вирус действительно подобен СПИДу.

Насчет возвращения вы имеете в виду из подземелий или из школы вообще? Из школы выходят единицы - те, кто "нравился" надзирателю, т.е. был послушным, не выказывал недовольства и т.д. Остальных же опять спускают вниз. Орден Феникса узнал о разработках вируса, но это далеко не все, чем занимается лаборатория.

Из канона, насколько я помню, известно о том, что лорд хотел вывести волшебников из тени маглов, т.е. фактически отменить Международный Статут о секретности. Пока что он этого не сделал, потому что я не считаю это хорошей идеей для фанфика. Что касается "чистки" общества от маглорожденных, то мне кажется, что и маг. мир от этого не шибко пострадает. Во всяком случае, известных маглорожденных можно по пальцам пересчитать, следовательно, их все же не так уж и много.