В самом фанфике ни разу преподаватели не пересчитывали детей, которые находятся на территории магического замка полного опасностей. Скорей всего у них при себе даже не было списка учащихся, которые остались на каникулы в замке.
Да и зачем сильно волноваться, ведь за 50 лет в Хогвартсе погибла лишь одна ученица.

И еще по своему школьному опыту знаю, что пересчитывания детей не всегда помогает. Меня так и потеряли в Питере в день отъезда, хотя постоянно пересчитывались.