Я так понимаю официальная версия - "на такое способны только отдельные, очень могущественные темные маги". Пока они школьники, возраст роли не играет.
В какое время умерла Миртл? Может, пол-школы где-то лазило.
А Том именно отличник - то-есть образцовый студент, префект. Слизнорт вряд ли признается, что обсуждал с подозреваемым темную магию. Да и опять же - Том студент(официально маглорожденный!), а значит не способен ни знать, ни использовать.
Гонты были змееустами и учились в Хогвартсе многие столетия. Ни одного нападения(кстати, заставляет сомневаться в самом концепте ТК - почему никто из них ее не открывал, при их предположительной ненависти к маглорожденным).
И, наконец, если Тому хватило ума найти тайную комнату, то он прекрасно знает замок - где висят портреты, где тайные ходы. Раз уж на то пошло, то как призраки и портреты не заметили, что он выгуливает гигантского василиска?