Скажем так, ему проще заранее предотвратить возможную истерику искалеченного пацана, чем терпеть его сопли неизвестно сколько. Сидзи все-таки остается наиболее опытным пилотом и даже без рук был бы крайне полезен.
В классическом варианте синхронизации - да, безусловно, капсула с педалями и манипуляторами для этого и нужна. Однако Синдзи синхронизировали через колонию наноботов. Сигнал от мозга перехватывается и передается напрямую к Еве, а не к телу, как у простых пилотов.
А SEELE прежде всего прагматики. Если дешевле посадить нового пилота, то зачем лечить старого? На эти миллиарды лучше еще одно убежище для Третьего удара построить, чем тратить на какого-то, пусть и нужного пацана.