По-моему, имеется ввиду, что если смотреть со стороны, то она на стороне Рона. Там так и сказано. Что она прекрасно понимает его чувства. Кстати, что не удивительно. Ведь ей совсем недавно довелось пережить именно такие же чувства, когда она узнала об измене Малфоя. И пусть случаи эти совершенно разные, но чувства то как раз таки одни и те же. Естественно, что она при этом будет поддерживать Рона. Но она ведь и не обвиняет Гермиону.