Вот в каноне с этим проблем не было, там, если кого убили, то всегда можно закопать на грядках Хагрида. Там Квирелла похоронили, потом Крауча старшего, затем Арагога. А учитывая отношение к безопасности в магическом мире, то на тех грядках немало учеников похоронено.
На счет Тайной Комнаты, в каноне василиск напал на кошку, Джастина, Криви, Гермиону, Пенелопу, но никого не убил, на такое бы даже Бэгман не поставил бы, слишком маловероятно. Скорее всего несколько учеников все же погибло, но их похоронили на грядках, а все остальным ученикам подтерли память, что никогда таких учеников не было, а родители маглорожденных вообще никому пожаловаться не смогут.