А почему нет? С точки зрения русского языка никаких противоречий нет. Друзьями по несчастью обычно называют тех, кто связан общей бедой, неприятной ситуацией.
Младшего Малфоя и Гермиону изначально объединяет неприятие идиотской затеи Люциуса. Уже одно это позволяет называть их "друзьями по несчастью". Правда, достаётся им в этой ужасной ситуации по-разному...