Жестко подозреваю, что Северус всё помнит. Или вспомнил. Оправдание тому - он же помогал читать заклинание. Но Гарри сказал: что было, то было и ничего личного. Северус поверил и не может "навязывать" свои чувства к Гарри.И делает вид, что ничего не помнит\вспомнил.
Впрочем, вариант такой - что Северус был влюблен в Гарри еще ДО всех этих событий, еще более правдоподобен. То, что он его любит и вполне осознано - проскальзывает во многом.
Чувства ПОСЛЕ испытания (любовь Гермионы и Драко, например) - не только и не столько последствия событий в испытании. В самом испытании отражаются истинные, сокровенные чувства - видимо, и ДО попаданца в прошлое Драко неосознано тянулс к "заучке" и наоборот. Люциус сам сказал потом Гарри: "Насколько я понял, я и в Брюгге волочился за Нарциссой" - очень примерно привожу его мысль.
Про зелье так и кажется, что Северус отдал в нем собственное здоровье и силы для Гарри.