Вот именно - МакГонагалл - к маглорождённым. До сих пор справлялась с объяснением и детям, и родителям, что такое - эта магия. Не жаловались и ехали в Хогвартс.
К тому же она декан Гриффиндора, который по странному стечению обстоятельств является оплотом маглорождённых в Хоге)))То есть они все потенциально направляются на Гриффиндор. Потому и её направили к Гарри, не ожидая, что он начнёт задавать неудобные вопросы.
Да и она больше растеряна, чем злится на Гарри.