Как я понимаю убийство раскалывает душу, но она все же остается с волшебником и дальше, просто в теле существует не целая душа а ее осколки. При помощи какого-то заклинания волшебник достает один из осколков и помещает в предмет, который станет крестражем. У Роулинг все довольно просто, ритуалы с пентаграммами и часовыми распеваниями катренов - это фанфики.
Что до дневника, маловероятно, что он создан после убийства Миртл, даже совсем не вероятно, он не мог тогда видеть как её тело уносят и точно не помнил бы как подставил Хагрида. Дневник стал крестражем в день убийства семьи и стал видимо случайно, первое что под руку подвернулось, ведь он наверняка шел к ним без 100% желания всех порешить.

Зачем там крестраж? Это был кусок неприкаянной души Волдика который сбег еще из дома Поттеров ))) В румынию видимо отжираться на обильных полях некроэнергии оставшихся еще со времен Цепеша )))