Действительно, этот момент из канона вызывает много вопросов.
Почему посылающая сторона не озаботилась снабжением своего агента необходимыми ингридиентами, чтобы весь план не полетел к черту? Вот все прямо предусмотрели, а про такую "мелочь" забыли?
А может все-таки предусмотрели? Ну, например, дали часть порций на "первое время". Потом, по мере возможностей, передавали другие зелья для продолжения.
Но в какой-то момент (я так понимаю - ближе к концу года), с поставками начались проблемы (или стало небезопасно получать их обычным способом - возникла реальная опасность разоблачения). Зелье еще было, но до конца учебного года уже могло не хватить. Тогда Крауч решил подстраховаться и выкрал ингридиенты для варки зелья собственными силами. Наверное у него вышло, но в самый притык - под конец сюжета все равно все закончилось.