У меня этот вариант тоже вызывает сомнения. Причина, по которой Дамблдор отказал Тому Риддлу в месте преподавателя - не его нелюбовь к магглокровкам, а интерес к темной магии.
Лили опять же, обвиняет друзей Снейпа в использовании темной магии, а не в том, что они хотели бы истребить таких, как она (да в последнем случае вообще было бы очень странно, что Снейп дружил и с ними, и с Лили).
Скорее, магглорожденные в массе своей поддерживали Дамблдора, предводителя "светлых", ну и то, что они ничего не знали о магическом мире и пытались что-то изменить на свой лад - я думаю, что это было. Другое дело, что в первую магическую войну вопрос скорее стоял о некотором ограничении их прав (изначально дискриминации никакой там не было), а не об истреблении. ИМХО.