Самус Аран прибывает на планету Зебес, чтобы помешать Космическим Пиратам использовать Метроидов в качестве биологического оружия. Она сражается с лидерами пиратов, Ридли и Крайдом, и уничтожает их лидера, кибернетический организм Материнский Мозг.