Кроме перечисленных в посте не замечал никаких. Самое проблемное из списка — сноски, потому что на Фикбуке отсутствует соответствующий тэг. Для удобства там дублирую участок, на который ссылаюсь., и добавляю надстрочный символ. Здесь благодаря форматированию переход к пояснению и обратно быстрее, поэтому в повторе не возникает необходимости.

<hr> и замена тире.

А у меня вопрос, после перевыкладки, новые главы будут дублироваться с фикбука автоматически?

Ал Ластор, судя по всему, нет: