против них изобрели бы оружие

Очень зависит от прочих условий, естественно.
Одно дело - регенератор какой-нибудь, Росомахе подражающий, а другое - стеклянная пушка, работающая с прекогнистикой и обманывающая причинность...

Никак. Потому что супергерои во первых не могут быть везде и сразу, во вторых не все из них привыкли выполнять приказы тем более убивать.

Создавали бы из них отряды наподобие коммандос, для действий в тылу противника.