Эм... Только есть нюанс. Не электронами, а α-частицами. Это ядра гелия, если что. Они намного массивнее электронов. И не единичными, а потоком от радиоактивного образца. α-частицы задерживаются листом бумаги, поэтому сделать закрытую коробочку (условно) с маленьким отверстием -- не проблема.

В том и суть хорошей теории, что она может должна предсказывать поведение чего-то. Подтверждаться экспериментально. Или опровергаться и дорабатываться.
Конечно, бывает, что сначала наблюдают какое-то явление или проводят эксперимент с заранее неизвестными результатами, и только по итогам наблюдения строят теорию, которую, опять же, потом экспериментально уточняют.