Ну как бы разница между схоластическими рассуждениями и научными обычно понятна, не? "Доказательства" Аквинского можно было бы рассматривать как гипотезы, на их основе придумать комплекс экспериментов, результаты которых гипотезы опровергнут или подтвердят. Далее принять их или отбросить в зависимости от результатов. Вы можете придумать, какими экспериментами проверить, например, доказательство от степеней бытия?
Докинз в своей книге "бог как иллюзия" рассматривает эти философские доказатества, кстати.