несмотря на то, что фамилия в оригинале произносится как лЮпин, она все равно будет как с люпином, а не люпиным
сравним: распространенная фамилия болдуин с аналогичным окончанием
с болдуином, а не с болдуиным

апд
есть сложившаяся традиция склонения иностранных фамилий
например, чарли чаплин правильнее склонять как "чаплином", а не "чаплиным"