Первые серии стали экранизацией одноименной манги «Евангелион» Ёсиюки Садамото, публикуемой с 1 февраля 1995 года и завершенной лишь в июне 2013 года. Впоследствии сюжет сериала обогнал мангу и уже манга стала создаваться под влиянием сериала. Автор манги Садамото также стал и дизайнером персонажей аниме. Сценарий же писался шестью сценаристами, включая Анно. При этом в написании сценария четвёртой серии Анно участия не принимал