Во-первых, почему Дамблдор не убил Вольдеморта в Атриуме. Если оставить мораль и характер директора за пределами вопроса, и взглянуть на всё с чисто прагматичной стороны, то выгоднее для него было не убивать. Убить насовсем его не выйдет, вскоре возродится, а Орден понесёт тежёлый разгром.
Во-вторых, всякое нашёптывание крестражами - это насколько я понимаю часть охранной системы. Дальше всех в этом отношении прошёл дневник, предназначенный для нападения. Но кусок души от Вольдеморта попал непреднамеренно. И заранее сказать будет ли он оказывать влияние на Гарри было нельзя. Заметного влияния не было, за исключением ощущения узнаваемости имени Тома Риддла, парселтанга, и связи между ними.