UPD: а вот и нифига, оказывается в скриптах был баг. Это старые подписчики. Вместо удаления всех подписок, скрипт обнулял счётчик, а потом только проверял "если счётчик больше 0, то удаляю подписчиков". Поэтому при следующей подписке счётчик нашел старых подписчиков и всё вернулось, куда надо.

Но баг исправлен, теперь подписчики действительно будут удаляться при изменении типа коллекции с публичной на приватную.