ReFeRy, скажем, кликеры - модераторы, у которых никто ничего не нарушает. Модерация, на которой невозможно модерировать. Безнаказанное засорение комментариев в работах флудом при активном поддерживании этого флуда автором - однажды я спросила, так мне ответили "Значит, ему [автору] комфортно жить в грязи среди собственных отзывов - кто мы такие, чтобы отнимать у него это право, в самом деле". Сервак снова летает неприлично часто, а пройти капчу порой - целое испытание даже со стабильным интернетом, сидя под роутером. Безразличие к дельным рационализаторским предложениям. Самоуправство с нововведениями - вводится не то, за что народ с митингами ратует (частенько предлагаемое весьма реально воплотить), а то, что хотят админы. Вышеупомянутая проблема с защитой от атак - по словам последнего взломавшего, он написал программу для лома аккаунтов часа за два и в целом управился за сутки (я бы вам его "статью" кинула, но её уже удалили).
Я перечислила сейчас то, что более-менее на слуху. Опять же, последний месяц, ввиду личных обстоятельств, я на сайте практически не была.
По поводу предотвращения - я не программист и тонкостей не знаю, но, думаю, если бы они нашли толкового человека или набрали толковую команду таких людей, они бы сумели решить эту проблему за год.