Думаю Гарри, после двух смертей, и всего что с ним происходило просто уже не вполне человек. А что до круцио, так тесно связанного с ненавистью, возможно в Гарри просто не осталось чего-то такого, на что действует заклинание. Это как с дементорами, чем больше у тебя болезненных воспоминаний, тем сильнее они действуют. Соответственно чем больше в тебе ненависти и желания причинить боль, тем сильнее твоя боль от Круциатуса.
А Гарри, который, чтобы сохранить разум, всю жизнь уравновешивал ужасающее зло крестража своей добротой - просто не имеет своего зла и ненависти, они не развиты или атрофированы. Именно поэтому он после воскрешения уговаривал Волдеморта раскаяться и пытался его не убить. Он просто не мог. Он сострадал существу из под скамейки.