Я бы предположил, что у трансфигурированного вещества химические свойства застревают в промежуточном положении:
иголку из спички можно поджечь, получив порошок мелкодисперного оксида (как при сгорании пирофорного железа). А вот золотую булавку из спички поджечь нельзя, потому что золото с кислородом не реагирует ни при каких условиях.
И трансфигурированная пища тогда практически не усвоится и, скорее всего, даже не особо переварится, оставшись пищевым комком. Медицинские последствия я представлять не хочу, но явно ничего хорошего.