Какой-то странный таймскип, ну да ладно.

Вот тут не поняла. Как именно тогда звучал приказ?

Не обязательно знает Шарлотта, но следующее толкование действий от этого и не очень зависит. То, что было с Клементиной, это чистой воды провокация, она же вроде не дура и понимает, что один взгляд на код (да хотя бы сравнить с кодом других хостов), и всё это лопнет. Вкупе с действиями Терезы (которую, кажется, тоже форсировала Шарлотта; при этом Тереза очевидно понимала давно, что Совет вроде как не против её попыток, но случись факап - от неё открестятся) - это всё вынудило Форда действовать и хотя бы немного сконцентрироваться на конкретной локальной угрозе. Соответственно, какое-то время он (и Бернард) будут заняты убиранием хвостов. Даже если Форд понимает, что это провокация, (а он скорее всего понимает) какое-то время ему всё равно тупо придется потратить.
В это время Шарлотта, пользуясь созданным отвлечением, может попытаться сделать что-то другое, то, за чем она реально приехала. Например, вытащить из парка хоста с действительно серьезной (не чета коротким передачам) массой данных. Правда, этот план, имхо, всё равно грубоват, и я думаю, не является ли он прикрытием для чего-то еще потоньше.

Ну Бернард не первый год ассистирует Форду. Мне кажется, что сначала он был простым работником, которого прикрыть проще (написать в своих базах, что всё хорошо, всё есть, проверка прошла), а затем всякие фейсбуки уже накопились. Что же до внешней легализации: ну, я думаю, с деньгами и опытом Форда сделать Бернарду паспорт - не такая уж и проблема. Плюс карты. А потом опять же опыт работы всё заполирует. Это грубая схема, конечно.