ansy
1. Неопубликованные главы выводятся для того, чтобы автор имел возможность посмотреть, как они будут выглядеть в конечном итоге (предпросмотр, например, не отображает сноски и иллюстрации). В содержании у каждой главы стоит её статус, что не даст перепутать, опубликована глава или нет. При выводе текста статус тоже стоит под названием каждой неопубликованной главы.

Про галочки я вас не понял. Да, при повторной отправке на рассмотрение, надо заново помечать галочками, какие главы вы хотите опубликовать. Но статуса "Черновик" это не касается. Главу-черновик вам никак не удастся опубликовать и этот статус автоматически ни на какой иной не меняется, только вручную.

2. Так написано же всё: