Если выбоина небольшая но довольно глубокая - очень мелкие древесные опилки смешать с клеем (например ПВА), этим тестом плотно замазать ямку, дать высохнуть и пошкурить-заровнять. Но сверху все равно столешницу покрывать чем-то придется, ну можно пленкой мебельной.