Я поняла, вы имеете в виду, что вместо двух или трёх водородных связей будет одна или две. Скорее всего, будет двойная спираль менее энергетически выгодная структура. Но в природе же есть так называемые неканонические пары, например, в тРНК. Когда канонически некомплиментарные нуклеотиды всё-таки образуют связи, хотя и с меньшей энергией.