Tanyka-san
Наруто с до рождения подвергался воздействию чакрой Кьюби, потому что она находилась рядом с ним в печати. Это как минимум, была у Кушины чакра Кьюби вне печати в теле или не было - неизвестно. В результате у него на лице появились полосы. Такие же как у Кинкаку и Гинкаку которые не были джинчурики, чакры Кьюби в них не было, однако же чувствовались очищенной чакрой Кьюби (которую использует Наруто в КЧМ) аж как части самого Кьюби - могут сами превращаться в его подобия и даже заменять его в Гедо Мазо, т.е. их чакра на 100% превратилась в чакру самого Кьюби. И кстати эти полосы являются наследуемым геномом (Боруто). А вскоре после рождения в Наруто запечатали Ян-половину Курамы. Причём чакра Курамы ещё и просачивалась в небольших количествах через печать, если Джирайя и жабы не некомпетентные идиоты или лжецы. Так у Наруто наблюдается сродство чакры с чакрой Ян-половины Курамы. А эта чакра в свою очередь, после того как Наруто очистил её от Инь Курамы (кстати чакра биджу не ядовита, она агрессивна потому же, почему дерево ломается если подать в ногу слишком много чакры - из за того что Инь содержащаяся в чакре начинает заставлять предмет в который подаётся принять форму - в данном случае самого биджу) демонстрирует сильное сродство с жизненной силой, Ян. Заставляет мокутон цвести, Широ Зецу после смерти (Инь счезает) превращаются в деревья и т.д. Так вот чакра Наруто стала такой же. Имеющей сильное свойство Йотона. Это то же самое, что свойство Хаширамы "лечить без печатей".
Что касается почему Наруто не пользуется чакрой Кьюби. Да потому что он свою чакру превращает в подобие Кьюби. Также как Кинкаку и Гинкаку превращались без биджу. Более того, по этому самому признаку - способность превращать свою чакру в чакру биджу отбираются все джинчурики! Известные исключения - Мито (которая стала джинчурики "случайно") и Кушина, которую выбрали за прямо противоположное свойство чакру биджу подавлять. Таким образом, если условно представить биджу как огонь, то чакра Кушины - вода, а чакра Наруто - керосин;) Когда он злится, эмоции начинают резонировать с биджу и чакра начинает резко превращаться в подобие биджу. Но стоит ему передумать как в битве с Хаку, как чакра резко превращается обратно! Чакра Кьюби бы обратно не превратилось. Какаши обнаружил что печать не нарушена. Следовательно чакры Кьюби опять-на мосту не было. А вот когда Наруто злится долго, тогда взаимодействие с биджу идёт на новом уровне и чакра Кьюби выходить из печати как это произошло в битве с Саске в Долине Завершения, с Орочимару и с Пейном.
Далее Наруто в Лесу Смерти имеет печать на пузе, которая 100% перекрывает чакру Кьюби. Однако он после боя с Кибой регенерирует только так. Далее, Ямато полностью перекрывает доступ чакре Кьюби из печати. Наруто клянется больше не использовать его чакру. Однако в бою с Какузу уже начинаются зрачки - что он соврал? Нет, чакры Кьюби тут нет, это чакра Наруто. В битве с Пейнов в начале боя тоже он сам пока не сорвал и не уничтожил медальон чакра Кьюби не выходила, а как сорвал полилась через край и т.д.
В битве Наруто с Саске он так не говорил или это был филлер/аниме.