Ну, если на пальцах - то ЭЦП просто так не работает, только с бубном. В качестве бубна в 99% используют ActiveX, а он работает только с ИЕ.
Можно использовать другие бубны, как, например, плагины, джава апплеты, или через туннель, но там много своих и отдельных видов геморроя, и иногда простота активикса тупо перевешивает.