По крайней мере, так казалось вначале, до того, как я пригляделась внимательнее
- акцент на процесс приглядывания. Приглядывание в смысловом плане значимо. Приглядевшись, человек что-то хорошо разглядел.

По крайней мере, так казалось вначале, до того как я пригляделась внимательнее
- акцент на моменте времени, значимо именно наличие разных временных пластов, в одном из которых что-то казалось, а в другом уже не казалось. Приглядывание здесь постольку-поскольку, не имеет значимости.

Постановка запятой зависит от замысла автора, который можно встретить в контексте. Если контекст повествует о том, что там увиделось в процессе приглядывания, запятая нужна. Если контекст продолжает выстраивать временную шкалу в виде последовательности действий, запятая не нужна.
Если речь идёт о тесте ЕГЭ или другой странной шаблонной штуке, запятую ставить не нужно. Потому что нет причин её ставить: наличия "не", наличия усилительных частиц, наличия однородных членов во второй части. Есть ещё четвёртое условие - логическое ударение автора (как раз его я расписала выше) - но в тестах оно недоказуемо, по умолчанию будет правильным вариант без запятой.