Суть именно Старшей палочки в том, что нужно было отобрать палочку против воли владельца. Отобрать не равно убивать. То что многие люди до этого, как и Володя считали, что нужно именно убийство... Ошибка. Не более того. Тот же Дамблдор лишь обезоружил Гриндевальда, став хозяином старшей палочки, а Гриндевальд спокойно продолжать жить.

Дальше.Вступает в силу то, что Драко забрал палочку. Старшая палочка признала того свои хозяином, а уж то, что знал Драко об этом или не знал роли не играет. Гарри обезоружил Драко, забрав палочку и самого Драко и главенство над Старшей палочкой.

Почему так не произошло с остальными палочками, объяснения мало, скорее всего дыра Ро. Гарри стал Хозяином старшей палочки, и заклинание Волди ударило в него же.