Ок, пример с косвенными данными :) Почти столетие после Коперника большинство практикующий астрономов предпочитали в своей работе геоцентрическую систему Птолемея, и не потому, что им кто-то чего-то запрещал (Церковь вмешалась только через 80 лет), а потому что совокупность наблюдаемых косвенных данных свидетельствовала в пользу Птолемея: его таблицы движения недесных тел были точнее и чаще совпадали с наблюдаемой действительностью. Гораздо позже, уже после открытия законов Кеплера, выяснилось, что обилие погрешностей у Коперника объяснялось ошибкой его представления о форме орбит (круг вместо эллипса). Но это было уже потом, изначально то вот они, косвенные наблюдения, все в пользу ошибочной картины.

И подобных примеров в истории астрономии, биологии, физики, даже географии тоже много.
Вспомните хотя бы недоброй памяти телегонию, представление о том, что каждый половой партнер самки может проявиться в ее потомстве от иного самца. С точки зрения современной науки, это полный бред. Но совокупность косвенных наблюдений, на первый взгляд свидетельствующих в пользу этой теории, сделали ее настолько популярной, что целый ряд ученых в разное время ее поддерживал. А многие заводчики собак и лошадей разделяют ее даже сегодня, что бы там ни говорили генетики: своими глазами видим же, ё.