Зачем ехать на машине из спб, учитывая, что на отдых? Не проще на поезде?

Если все же машина и разные аэропорта и хочется оставить в аэропорту, то логично оставлять в последнем аэропорту, откуда уезжать, но хз сколько там стоянка стоит).

Либо найти платную стоянку обычную.
Либо за пределами зоны платной парковки ( http://parking.mos.ru/ ), далее метро+аэроэкспресс в аэропорт.
Они работают с 5:30 (местами с 6) до часу ночи (расписание экспрессов на сайте). https://aeroexpress.ru

Если много вещей, то такси.

Если вылет в 3ч ночи, очевидно, что часов в 12 уже в аэропорту (и на последний экспресс конечно лучше не закладываться).

Обратно, прилетели, на экспресс-метро-машина.
Если не успели - такси).

Такси в среднем из города в аэропорт и обратно - 1к руб. Конечно брать надо с сайта известных, а не в аэропорту хз кого.

И да, у внуково недалеко метро и там автобусы (это если хочется прям экономить).

P.S. Решать конечно им). Но я бы не поперся на машине питер-мск-питер в отпуск еще обратно в ночь. Вопрос удобства имхо. Если экономить, есть плацкарт за 900р )).