Под словами две оболочки, вероятно, скрываются простые грам-отрицательные бактерии, ничего особо страшного тут нет. А вот селекция в условиях неправильного применения и/или регулярного применения антибиотиков (вообще, давно предлагают установить уже ротацию) действительно может привести (и приводит) к появлению бактерии, которая будет устойчива к нескольким или многим антибиотикам. Такие штаммы бывают, увы.