Ну, учитывая, что ничего из сказанного вами выше, не идет вразрез в тем, как я себе представляю образ мыслей ученого, видимо, представляю я себе более или менее верно :)

Повторюсь, вас сбивает слово "вера". Перестаньте биться головой об стол, замените на нейтральную "уверенность" и станет проще. Таки той разницы, которую вас заставляет видеть это слово нет. Про ученого запросто можно сказать "я уверен в том, что вселенная изоморфна, поэтому я занимаюсь экспериментальной наукой и воспринимаю законы, выведенные на основании научных исследований, в качестве более или менее универсальных. Причем экспериментальная наука не позволяет проверить принцип изоморфизма и я вынужден сохранять свою принципиально не подтверждаемую уверенность и дальше". И на практике, людей, мыслящих подобным образом будет гораздо больше, чем тех, кто всерьез не "уверен", а всего лишь "предполагает", что какая-нибудь гравитация - это объективная всеобщая данность, а не уникальный феномен, наблюдаемый в таком-то уголке вселенной. Даже вы сами "уверены", а не "предполагаете", что материализм - наше все, иначе не было бы столь категоричных суждений. Точно так же и с носителями религиозной картины мира вполне возможен вариант "я убежден в том, что у мира есть смысл и цель, поэтому я живу так-то и так-то; строго говоря, проверить это я не могу, но исходя из этой картины мира я достигаю душевного комфорта, и с другими людьми нередко происходит то же самое - моя уверенность приносит полезные практические плоды, продолжу использовать". Да, этот вариант не самый распространенный, но вполне реальный (точно знаю, поскольку долгие годы после прихода к религии фактически думала именно так).

Собственно, именно поэтому и возможно быть верующим_и_ученым: в своей познавательной деятельности исходить из уверенности в изоморфизме и проч., а в рефлексии относительно себя и мира - из уверенности в наличии в этом мире вложенных извне смысла и цели. Разные процессы - разные непроверяемые положения, профит и там, и там.