Когда бечу, чаще использую красный. Иногда - зеленый и, мм, горчичный))
Когда что-то пишу, а в голову приходят отрывки из далекого будущего для текста, дописываю их оранжевым (тем, что потемнее), или болотно-зеленым, или фиолетовым, или синим. Правда, такое разнообразие цветов у меня только в одном документе))
А, и иногда еще, чтобы выделить временно какой-то момент, кегль меняю.