> Вот эти utils, для начала и выкинуть в отдельный файл. Чтобы они не загораживали основной алгоритм.

А зачем? Для пуризма? Что они загораживают, кроме круга для тараканьих бегов в голове?
А несколько скриптов, особенно если их надо распространять среди, хм, разнообразно сведущих в ит специалистов-отраслевиков - это больше проблем, чем кажется.

> Шутки шутками, а отход от этого принципа, для того же qt может приводить к проблемам линковки. И ошибка выдваемая компилятором нифига не очевидна.

Ну давай еще удивительную линковку С++ вспомним и — особенно — студиевские дефолтные прекомпилированные заголовки, у меня от букв LNK2001 до сих пор на жопе волосы шевелятся.

Только причем тут раби-скрипт на тыщу строк для биологов?