В каноне это просто не продумано. Они пытают маглов и ненавидят грязнокровок - апатамушта злодеи. Это в фанфиках пытаются найти обоснуй...
Мне наиболее правдоподобным кажется вариант, что:
1) Становилось все больше магглокровок в обществе, и они обретали все больше власти, привнося маггловские веяния в магическое общество. При этом они достаточно поверхностно и свысока относились к магическому миру.
2) В течении 20 века, а особенно после войны с Гриндевальдом некоторые отрасли магии, артефакты, книги и т.д. относили к темным и запрещали. Вероятно, обыскивали дома старых семей и отнимали у них книги, артефакты...
Вследствие и того, и другого старые семьи теряли авторитет и власть, что им, разумеется, не нравилось.

+ соглашусь с Мурзилкой: самые умные должны были понимать угрозу магглов из-за их технического прогресса.