Вообще-то в каноне Дамблдор прямо объясняет это 'противоречие'. Том вложил в голову Морфина ложные воспоминания о том, как тот убил Риддлов. А когда Дамблдор стал разбираться, то смог отделить правду от внушения. И как раз истинных воспоминаний касается фраза "больше Морфин ничего не помнит".