Если говорить именно о флешке, то USB обратно совместимы без проблем. Флешку 2.0 можно вставить в разъём 3.0, флешку 3.0 можно вставить в разъём 2.0. Скорость будет 2.0.

Вот если у вас есть внешний диск 3.0, то в 2.0 его вставлять не стоит — в 3.0 больше допустимый ток, и 2.0 тупо не потянет по мощности.
С флешкой такой проблемы не будет.