Мне кажется, тут еще важно, какую художественную нагрузку несут эти самые аллюзии. Если они важны для понимания замысла, игнорировать их нельзя. Ну, например, нельзя просто взять и пренебречь тем фактом, что прототипами главных героев «Имени розы» стали Шерлок Холмс и доктор Ватсон. Это структурообразующий элемент истории. А вот не учитывать, кто именно в реальности был прототипом профессора Выбегалло, вполне можно – этот персонаж самодостаточен как отдельный художественный образ.

Если же в тексте есть аллюзии, понятные одному только автору… что ж, он должен быть готов к тому, что таковыми они навсегда и останутся. Думаю, большинство авторов – люди здравомыслящие и вполне это осознают. :) Если автор хочет дать шанс своим аллюзиям – он обозначает их более явно, оставляет лазейку для читателя (хотя и это всего лишь шанс, который может остаться нереализованным).
Безусловно, понимание всей этой тонкой материи желательно для фикрайтера – насколько это вообще возможно. Но в полной мере это невозможно в принципе, потери смыслов все равно будут, и с этим стоит сразу смириться обеим сторонам.