мозгомышка
Да, это прям проблема, вы не одиноки, многие дети начинают так писать. Я с нынешним набором немного экспериментирую: мы не пишем транскрипции так, как надо (проговариваем, слушаем, записываем звук и т.д.), мне вообще не нравится подход, что дети еще не читают, не пишут, а уже должны эти схемы в прописях раскрашивать. Делаем так: сначала - правильное написание, затем анализ ("буква ё стоит в начале слова, значит, два звука", "буква я стоит после согласного, значит, смягчает его и дает один звук"). Сделали с детьми алгоритм и пользуемся.