проблема в том, что обе формы именно допустимы. А правильно - "кофе" мужского рода. Как и с ударениями - часто бывают допустимы два варианта, но литературно верен лишь один.
С 1 сентября 2010 года обе формы слова кофе(м.р. и ср.р.) стали литературной нормой, если раньше ср.р. кофе был разговорной формой(неофициальной), а м. р. литературной, то после приказа МинОбра РФ обе формы литературные, официальные и равнозначные.